档案的整理可以采用各种不同的方法和技巧，但自始至终必须坚持一个基本原则，即：遵循文件材料的形成规律和特点，保持文件之间的有机联系，便于保管和利用。
农村文件是伴随着农村纷繁复杂的社会实践活动产生的，是农业生产、农业科技以及农村各项活动的真实写照。社会实践活动往往是按照一定的规则和章法进行的，如一项工作或工程的开展。一般起初有安排、有项目计划书，中间执行情况需要上传下达，遇到一些意想不到的问题，还需研究决定或请示答复，一项任务或工程完成后，一般有总结性会议或者竣工验收等。生产活动运行的规律性，直接表现为文件材料之间在形成者、形成时间、形成内容等方面的联系。人们在整理这些文件时，也应该遵循其中的规律和不同类型文件的特点，切忌人为地破坏文件形成过程中的规律，使整理的档案能够系统地反映每一个事件的来龙去脉。
农村形成的各类文件，其有机联系主要体现在文件的来源(形成者)、时间、内容和形式等方面。
1.文件在来源方面的联系。文件来源方面的联系就是指文件形成者的联系。文件总是某机构或某人形成的，每个机构有其特定的职能或社会分工，反映在文件方面，基本呈现出这样的特征。即某一机构形成的文件多是反映同一类问题或同一性质工作的。形成文件的这些机构或个人，使文件构成了来源方面不可分割的历史联系。
2.文件在时间方面的联系。形成文件的机构或个人所从事的具体活动，都有一定的时间性或阶段性，因而使文件之间具有了自然的时间联系。
3.文件在内容方面的联系。文件是某一机构或个人在履行一定职责活动中，为解决特定问题而产生的，它的形成者的特定活动使文件之间在内容上具有密切联系。
4.文件在形式方面的联系。文件的形式是指文件的名称(亦即文种)、载体形式(如纸质、录音带、录像带)和记录方式等。有时文件的形式也反映出文件内容的某种联系，如会计凭证都是会计核算中的基础资料，这构成了文件之间存在某种关联性。
投入大量的人力和物力将零散文件整理有序，其目的不单单在于保持文件之间的有机联系，而是为了更好地保管和利用，这是农村档案整理工作的根本出发点和最终目标。这个指导思想应贯穿于整理的全过程，文件如何分类组卷，如何排列编目，都要便于日后的保管和利用，不能为联系而联系，为整理而整理。譬如，有些农村或其他基层单位组卷时，为了保持案卷的整齐美观，将不同规格的文件裁剪为统一尺寸，危及文件边缘的签字或批注，损坏了文件本身的完整性。这种做法违背了整理的根本原则，应引以为戒。
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